Sejarah Pertamina EP tidak bisa dilepaskan dari perjalanan panjang perburuan minyak di Bumi Nusantara ini yang dimulai sejak awal Abad 19. Antara 1871 hingga 1885 merupakan masa-masa awal pencarian hingga penemuan minyak di Indonesia, yang waktu itu masih dalam pendudukan Belanda. Menyusul pengeboran pertama pada 1883 di Telaga Tiga, Pangkalan Brandan, Sumatera Utara maka pada 1885 berdirilah Royal Dutch Company di Pangkalan Brandan. Sejak itulah ekspolitasi minyak dari perut Bumi Nusantara dimulai.
Ketika pecah Perang Asia Timur Raya, produksi minyak mengalami gangguan. Pada masa pendudukan Jepang, usaha yang dilakukan hanyalah merehabilitasi lapangan dan sumur yang rusak akibat bumi hangus atau pengeboman.
Pada masa perang kemerdekaan, produksi minyak terhenti. Namun ketika perang usai dan bangsa ini mulai menjalankan pemerintahan yang teratur, ternyata penguasaan atas usaha minyak di Indonesia menjadi tidak jelas. Banyak perusahaan-perusahaan kecil bermunculan untuk memanfaatkan rezeki minyak ini sehingga memicu terjadinya sengketa di sana-sini. Akhirnya, untuk meredam semua itu, penguasaan atas tambang-tambang minyak tersebut diserahkan kepada Angkatan Darat.
Untuk menanganinya, pemerintah mendirikan sebuah maskapai minyak nasional pada 10 Desember 1957 dengan nama PT Perusahaan Minyak Nasional, disingkat PERMINA. Perusahaan itu lalu bergabung dengan PERTAMIN menjadi PERTAMINA pada 1968. Untuk memperkokoh perusahaan yang masih muda ini, Pemerintah menerbitkan UU no. 8 pada 1971, yang menempatkan PERTAMINA sebagai perusahaan minyak dan gas bumi milik negara. Berdasarkan UU ini, semua perusahaan minyak yang hendak menjalankan usaha di Indonesia wajib bekerja sama dengan PERTAMINA. Karena itu, PERTAMINA bertindak sebagai regulator bagi mitra yang menjalin kerja sama melalui mekanisme Kontrak Kerja Sama (KKS) di wilayah kerja (WK) PERTAMINA. Di sisi lain PERTAMINA juga bertindak sebagai operator karena juga menggarap sendiri sebagian wilayah kerjanya.
Sejalan dengan dinamika industri migas dunia, Pemerintah menerbitkan Undang-Undang Minyak dan Gas Bumi (milik negara) No. 22 tahun 2001. Sebagai konsekuensi penerapan UU tersebut, Pertamina beralih bentuk menjadi PT Pertamina (Persero), dan hanya bertindak sebagai operator yang menjalin Kontrak Kerja Sama (KKS) dengan pemerintah yang diwakili oleh BPMIGAS. Sekaligus UU itu juga mewajibkan PT Pertamina (Persero) untuk mendirikan anak perusahaan guna mengelola usaha eksplorasi, eksploitasi dan produksi minyak dan gas, sebagai konsekuensi pemisahan usaha hulu dengan hilir.
Atas dasar itulah PT Pertamina EP didirikan pada 13 September 2005. Sejalan dengan pembentukan Pertamina EP maka pada tanggal 17 September 2005, PT Pertamina (Persero) telah melaksanakan penandatanganan Kontrak Kerja Sama (KKS) dengan BPMIGAS -- yang berlaku surut sejak 17 September 2003 -- atas seluruh Wilayah Kuasa Pertambangan Migas yang dilimpahkan melalui perundangan yang berlaku. Sebagian besar wilayah PT Pertamina (Persero) tersebut dipisahkan menjadi Wilayah Kerja (WK) Pertamina EP. Pada saat bersamaan, Pertamina EP juga melaksanakan penandatanganan KKS dengan BPMIGAS yang berlaku sejak 17 September 2005.
Dengan demikian WK Pertamina EP adalah WK yang dahulu dikelola oleh PT Pertamina (Persero) sendiri, dan WK yang dikelola PT Pertamina (Persero) melalui TAC (Technical Assistance Contract) dan JOB EOR (Joint Operating Body Enhanced Oil Recovery).
